امروزه از نقاشی "باکره صخره ها" (Virgin of the Rocks) دو نسخه وجود دارد. نسخه اول در موزه "لوور" و نسخه دوم در گالری ملی لندن نگه داری می گردد. متخصصان تقریبا متفق القول هستند که نسخه لوور توسط خود لئوناردو کار شده است (کیفیت بالای به کار گیری قلم مو و تکنیک "کیاروسکورو " (Chiaroscuro – تضاد تند در سایه و روشن)، همگی از مشخصات سبک لئوناردو محسوب میگردند) اما در مورد نسخه گالری ملی، مناقشاتی هنوز وجود دارد (به جهت اینکه اثر در پاره ای از قسمت ها سطحی کار شده، نور روی صخره ها به شکل بدی منعکس شده و سطح بدن بچه ها تخت به نظر میایند). یک نظریه مقبول آن است که "د پردیس" (de Predis) به همراه لئوناردو، این نسخه دوم را آغاز کردند، درست هنگامی که لئوناردو از پس اتمام کار نسخه اول بر نیامد. نظریه دیگر آن است که لئوناردو تنها نقشی کوچک در نسخه گالری ملی داشته و تنها ناظر پیشرفت کار توسط "د پردیس" بوده است. به تازگی البته یک زمین شناس برجسته به نام "ان چ پیتزوروسو" (Ann C. Pizzorusso) به خاطر لغزش های که از جهت زمین شناسانه در اثر به چشم می خورد (برخلاف نسخه لوور) معتقد است که لئوناردو در این اثر به هیچ وجه نقشی نداشته است.                            

قرارداد تا حدودی پیچیده طرح شده بود و به دقت تمام آنچه بایستی در اثر گنجانده شود، لحاظ شده بود: مریم باکره در مرکز، شنل وی زربفت و به رنگ لاجوردی (Ultramarine Blue)، دامن نیز زربفت با زیرلایه ارغوانی، جلابخشی کل کار با لاک مرغوب... و همچنین مسیح، جامه اش باید دارای زربفت طلا و به رنگ لاجوردی بوده باشد. فرشتگان باید دارای لباس های زرنگاری شده، به همراه دامن های پرچین بوده و با رنگ روغن کار شده باشند. کوه ها و نیز صخره ها نیز بایستی با رنگ روغن کار گردیده و ...

 البته کمی بعد برخی تغییرات در مفاد قرارداد ایجاد شد، به این صورت که یحیی تعمید دهنده به کار اضافه شده و یک فرشته حذف گردید. این اثر اولین کاری است که لئوناردو در میلان شروع کرد. مهمترین مقوله ای که در اثر مورد تاکید کلیسا بود، این بود که حامله شدن عیسی توسط مریم باکره، در زمانی اتفاق افتاده که مریم دیگر از "گناه نخستین" پاک شده بود (گناهی که با هبوط آدم و حوا به زمین در صلب بشر باقی ماند). این موضوع، بحث داغ دوران لئوناردو بود و از این رو او می بایست که پاکی مریم را تا حد کمال مد نظر می گرفت. از این رو در هر دو نسخه، مریم فاقد برجستگی سینه است و در غاری نشسته که در چشم اندازش کوه های چندی به مانند "فالوس"(Phallus)  دیده می شوند و تصاویر از رحم نیز در سطح اثر وجود دارد! این چیدمان به جهت آنکه کلیسا بر فراز غاری ساخته شده بود، بسیار عالی به نظر میرسید.

نقاشی داستانی معروف را بازگو می کند. زمانی که مسیح، یحیی تعمید دهنده را در غاری ملاقات می کند. طبق همین قصه "اورئیل" فرشته نگهبان یحیی است که در کنار او دیده می شود. در حقیقت این دو برای فرار از کشتاری که "هرود" راه انداخته بود، به آنجا پناه آورده بودند. چون یحیی، به مسیح اجازه سکنی میدهد، تقدیس شده و تعمید دهندگی او پیش گوئی می گردد. این مساله وجود یک آبگیر را در جلوی نسخه لوور به خوبی توجیه می کند.

گیاهان و درختان در کار لئوناردو بسیار قابل توجه اند، چرا که به دقت از روی نمونه واقعی و طبیعی آنان طراحی شده است، در حالی که بسیاری از هنرمندان در آن زمان بسیار سرسری از آن گذشته و در چنین موقعیت هایی تنها به کتاب های گیاه شناسی رجوع می کرده اند. اما به منظور ایجاد یک هارمونی مناسب، باز لئوناردو در انتخاب گیاه، نهایت دقت را به عمل می آورد. در نسخه لوور او گیاه "زبان درقفا" و یا همان "گیاه کبوتر" را در کنار صورت مریم باکره نقاشی کرده، در حالی که این گیاه، نماد روح القدوس است. وجود یک سری لکه روی گیاه کنار دست یحیی، نمادی از خون شهید است و نیز گیاه خزنده نیز نماد ثابت قدمی و فضیلت است. وجود برگ های قلب شکل نشانه عشق و هنر، برگ های شمشیری نشانه دشنه اندوه است که قلب مریم باکره را جریحه دار کرده و برگ نخل هم نشانه پیروزی است.

نکته آخر در مورد نسخه لوور آن است که در طرح های اولیه ابتدا صورت فرشته بسیار زنانه در نظر گرفته شده بود، اما در نسخه نهائی لئوناردو آن را تبدیل به کیفیتی دو جنسی کرد.

در نسخه لندن تعدادی تفاوت نسبت به نسخه لوور دیده می شود. در این نسخه سوژه ها به بیننده نزدیکتر هستند، کمی رنگ آبی به کار رفته تندتر، جریان رود آن زنده تر و یحیی تعمید دهنده صاحب یک پیکان است و دیگر اینکه فرشته به یحیی اشاره نمی کند، هاله های نوری در اطراف سر مریم باکره، مسیح و یحیی وجود دارد (البته به طور مشخص، هاله های نور توسط یک هنرمند ناشناس بعدها به اثر اضافه شده است) و رداها نیز سبکتر نشان داده شده اند.

بخش های از نقاشی نیز در اینجا نا تمام مانده است، مثلا دست چپ فرشته. به نظر میرسد که قرار بوده که در بخش جلویی کار نیز آبگیری نقاشی گردد (درست به مانند نسخه لوور).