لئوناردو داوینچی در سال 1489 یک دفترچه یادداشت جدید را که بیشتر روی آناتومی بدن تمرکز داشت به دست گرفت. علاقه لئوناردو به تشریح در چندین عامل ریشه داشت. برای مثال او می انگاشت که مشخصه اصلی حیات، در حرکت خلاصه میگردد و از این رو به نحوه حرکات اعضای مختلف بدن توجه نشان می داد. این نکته را بایست مد نظر داشت که لئوناردو به درستی درک کرده بود که برخی عضلات و مفصل ها در حرکات اعضاء نقشی نداشته، و برای درک بهتر چگونگی و وابستگی این حرکات، بایستی صرف دقت و انرژی بیشتری نمود. به عنوان دلیل دیگر برای این گرایش، مدت ها این معما ذهن لئوناردو را مشغول ساخته بود که چرا شکل و اندازه اشیاء با نمونه واقعی شان متفاوت است! روشن است که درک چنین عدم تناسبی، خود نیازمند چه دقت نظری بوده است. علاوه بر این ها آشنائی با عملکرد و ساختار ظاهری
(Topographically) اندام می توانسته کیفیتی بی نقص به هنرهای تجسمی اش ببخشد. اما یکی از دلایلی که از دید بسیاری امروزه به دور مانده، این بود که او به شدت علاقه مند بود تا محل احساسات و عواطف آدمی و از این ها مهمتر، سرای جان را در کالبد بیابد! جائی که در آن زمان توده باور داشت، ستون فقرات است. اگرچه لئوناردو در تشریحش به خوبی دریافت که ستون فقرات و مغز به یکدیگر متصل هستند اما نتیجه نهائی خود را هرگز نیافت.

او طرح های خامی از چشم، ساختار عصبی بینائی و مغز تهیه کرد. اما کارهای بهتر او به اسکلت و حفره چشم مربوط می گردد و همچنین طرح های او از اسکلت، اندام تناسلی، مغز، مثانه، کبد، ... بسیار خارق العاده بوده است. از این راه یافته های آناتومیکی شگفت انگیزی عاید لئوناردو شد. برای مثال او اولین کسی بود که به شکل "دو قلابی" (double S) ستون فقرات پی برد، به دقت شکل لگن خاصره و نیز استخوان خاجی را ترسیم کرده و متوجه شد که استخوان خاجی یک تکه نبوده و متشکل از تعدادی غضروف است. همچنین برخلاف تصور شایع که زهدان را دارای چند بخش میدانسته و فکر میکرده که هر دوره بارداری، در یک قسمت رحم صورت می گیرد، او نشان داد که رحم یکپارچه است. باز او عقیده رایج در مورد اینکه اسپرم در ستون فقرات تولید میشود را رد کرد. همچنین لئوناردو پیشگام در ترسیم یک جنین در رحم بود، هر چند در ترسیم رحم مادر، دچار اشتباه شده و طرح بیشتر شبیه رحم گاو در آمد! البته این اشتباه می تواند حاصل خلط تشریح متعدد او روی حیوانات و انسان باشد. او نه تنها به ساختار این اعضاء علاقه نشان می داد بلکه عملکرد آنها نیز برایش جلب نظر می کرد. از این روست که برخی او را نه تنها یک آناتومیست بلکه یک فیزیولوژیست می دانند.

روش لئوناردو در طراحی آناتومی بدن بسیار خلاقانه بود. او قفسه سینه را در شکل عمودی، غضروف گردن را در شکل انفجاری، دست را در شش قسمت و عضلات شانه را تنها به شکل خطوط شکل دهنده نیرو می کشیده است، که این آخری تشریح کننده را  قادر می سازد که ساختار و عملکرد عضو را، تنها در یک طرح جمع نماید. همچنین او طرح هایش را از زوایای متفاوت می کشیده و یا از برش های مقطعی با عمق های متنوع سود می جسته تا یافته های علمی اش سریع الانتقال باشند.